После вступления в силу статьи 54.1 Налогового кодекса ФНС при поддержке Министерства финансов придерживалась той позиции, что концепция налоговой реконструкции более не должна применяться, так как ее отменяет специальная статья в кодексе. Это породило разночтения при разрешении налоговых споров в судах: часть инстанций соглашались с фискальными органами, часть наоборот констатировали, что без реконструкции налогоплательщику придется заплатить непредусмотренные законом налоги, что противоречит конституции и базовым принципам НК.
Проблема выработки единых подходов заключается в том, что высшая судебная инстанция почти за четыре года действия статьи 54.1 НК по этой проблеме не высказывалась.
"[Этой] статьи СКЭС ВС РФ пока не касалась. А если к этому добавить, что разъяснения ФНС для судов не имеют никакого формального значения, то может оказаться, что судебная практика пойдет своим путем, который может отличаться от описанного в письме в любую сторону. Время покажет, куда мы движемся", - говорит партнер юридической компании Taxology Алексей Артюх.