Суд признал, что компенсируемые агенту расходы подлежали включению в налогооблагаемую базу по НДС, так как фактически являлись составной частью оплаты его услуг как исполнителя (подрядчика) Между налогоплательщиком (агент) и иностранным контрагентом (принципал) заключены агентские договоры, направленные на продвижение лекарственных препаратов на российский рынок. Эти договоры предусматривали компенсацию агенту расходов, понесенных им в ходе исполнения договоров. Расходы подразделялись на два вида: 1) «внутренние расходы» (затраты агента, связанные с содержанием персонала (заработная плата, премии, командировочные расходы, отчисления в государственные бюджетные фонды и т.п.)), подлежащие обложению НДС; 2) «внешние расходы» (расходы, выплачиваемые агентом третьим лицам в связи с проведением клинических исследований и регистрацией продукции Принципала), не подлежащие обложению НДС, которые перевыставлялись иностранному заказчику в полном объёме.
По итогам проверки налоговый орган пришел к выводу о том, что действия, предусмотренные в рамках осуществления «внешних расходов», не являются агентскими, а представляют собой действия по оказанию услуг по организации и проведению клинического исследования, результатом которых являлось получение разрешения Минздрава РФ с целью выведения препаратов заказчика на российской рынок. Иными словами, фактически оказывая заказчику единую услугу, налогоплательщик искусственно разделил ее на два типа, избегая уплаты НДС с действительной суммы агентского вознаграждения.
Суд первой инстанции (в рамках нового рассмотрения дела) пришёл к выводу, что заключенный договор не является договором подряда, поскольку не направлен на создание материальной вещи; не является договором оказания услуг, поскольку не направлен на выполнение клинических исследований самим налогоплательщиком; указанные отношения являются исключительно агентскими, поскольку направлены на заключение Агентом договоров с третьими лицами за счет Принципала.
Суды апелляционной и кассационной инстанций не согласились с позицией суда первой инстанции и рассмотрели спор в пользу налогового органа, отметив следующее.
Законным интересом заказчика в рамках договора подряда (возмездного оказания услуг) является достижение конкретного результата, в том числе путём осуществления определённой деятельности. В данном случае иностранный разработчик лекарственных препаратов (принципал), обращающийся в подконтрольную компанию (налогоплательщик) для организации проведения клинических исследований, приобретает весь комплекс услуг, связанных их организацией и проведением, результатом чего является получение одобрения (разрешения) контролирующих органов государства на продажу лекарственного препарата на территории РФ.
Контрагент приобретает у налогоплательщика не услугу, заключающуюся в поиске третьих лиц для проведения исследования, а комплекс услуг по организации и проведению клинических испытаний лекарственного препарата, выполняя все функции и задачи, которые возложены нормативно-правовыми актами РФ на организацию-разработчика.
То есть содержанием услуг, оказываемых налогоплательщиком иностранному заказчику, является организация и контроль проведения клинических исследований лекарственных препаратов на территории РФ, а все действия, совершенные налогоплательщиком, являются его фактическими действиями, составляющими указанные услуги.
(постановление АС Московского округа от 20.02.2023 по делу № А40-246516/2019 ООО "Ново Нордиск") Отсутствие у налогоплательщика лицензии на работы по сохранению объекта культурного наследия исключает применение льготы, предусмотренной подп. 15 п. 2 ст. 149 НК РФ Между налогоплательщиком (подрядчик) и контрагентом был заключен договор подряда на выполнение работ по текущему ремонту цокольной части здания, фасада и ограды с сопутствующими работами. По этим работам налогоплательщик в соответствии с подп. 15 п. 2 ст. 149 НК РФ применил освобождение от НДС.
По итогам камеральной проверки налоговый орган доначислил налогоплательщику НДС в связи с отсутствием лицензии на осуществление деятельности по сохранению объектов культурного наследия.
Налогоплательщик в качестве возражений ссылался на то, что цена договора между ним и контрагентом не предусматривает НДС. Договор, заключенный во исполнение государственного контракта, не мог быть изменен путем включения в стоимость НДС и это свидетельствует об отсутствии его вины во вменяемом правонарушении.
Суды отклонили этот довод налогоплательщика и рассмотрели спор в пользу налогового органа, отметив следующее.
Согласно абзацу 2 пункта 11 постановления Пленума ВАС РФ от 30.05.2014 № 33 "О некоторых вопросах, возникающих у арбитражных судов при рассмотрении дел, связанных с взиманием налога на добавленную стоимость", невыполнение налогоплательщиком при осуществлении хозяйственной деятельности тех или иных предписаний, установленных как публично-правовыми, так и гражданско-правовыми нормами (например, неполучение в необходимых случаях лицензии, иных разрешений или согласований; неосуществление регистрации договора и т.п.) влечет неблагоприятные для него налоговые последствия (например, невозможность использовать освобождение от налогообложения конкретных операций, применять налоговые вычеты, заявлять налог к возмещению из бюджета и др.) лишь в том случае, если это прямо предусмотрено положениями части второй Кодекса.
В частности, п. 6 ст. 149 НК РФ, содержащей перечень освобождаемых от налогообложения операций, прямо оговаривает, что в случае если на осуществление соответствующей деятельности необходима лицензия, такое освобождение действует только при наличии у налогоплательщика лицензии.
В данном деле судами установлено, что у налогоплательщика отсутствовала лицензия на осуществление деятельности, лицензируемой в соответствии с законодательством РФ.
(постановление АС Московского округа от 20.02.2023 по делу № А40-128776/2022 ООО "ТАКТ") 
