Пеня начисляется на сумму недоимки, а не на всю сумму отрицательного сальдо ЕНС (поскольку такая может включать задолженность по пеням, процентам и штрафам).
Если налогоплательщик подаёт уточнённую декларацию, которой увеличивается совокупная обязанность, то пени начисляются на сумму недоимки за весь срок, а отражаются на ЕНС с даты учёта увеличения совокупной обязанности, то есть с даты представления уточнённой декларации.
В ст. 75 НК РФ закрепили исчерпывающий перечень ситуаций, в которых пени не начисляются. Налогоплательщик не должен уплачивать пени на недоимку:
- возникшую в результате выполнения письменных разъяснений или мотивированного мнения;
- возникшую в связи с самостоятельной корректировкой цены в сделке с взаимозависимым лицом по итогам года (пени со дня возникновения недоимки до дня срока уплаты налога на прибыль или НДФЛ);
- возникшую в результате обратной корректировки в соответствии с п. 12 ст. 105.8 НК РФ;
- в отношении которой принято решение о предоставлении отсрочки, рассрочки (со дня, следующего за днём принятия решения).
В учёте налогового органа пени будут начисляться в разрезе каждого налога. При получении справки об отрицательном сальдо ЕНС налогоплательщику должна быть предоставлена развёрнутая информация о неисполненных обязанностях (детализированная по каждому налогу), пенях, процентах и штрафах, расчёт пеней и процентов, основание уплаты штрафов.