Пеня будет начисляться на сумму недоимки. Пеня не будет начисляться на всю сумму отрицательного сальдо ЕНС, поскольку такая может включать также суммы задолженности по пеням, процентам и штрафам.
Если налогоплательщик подаёт уточнённую декларацию, которой увеличивается совокупная обязанность, то пени начисляются на сумму недоимки и отражаются на ЕНС с даты учёта увеличения совокупной обязанности, то есть с даты представления уточнённой декларации.
В ст. 75 НК РФ закрепили исчерпывающий перечень ситуаций, в которых пени не начисляются. Налогоплательщик не должен будет уплачивать пени на недоимку:
- образовавшуюся в результате выполнения письменных разъяснений или мотивированного мнения;
- возникшую в связи с самостоятельной корректировкой цены в сделке с взаимозависимым лицом по итогам года в соответствии (пени со дня возникновения недоимки до дня срока уплаты налога на прибыль или НДФЛ);
- возникшую в результате обратной корректировки в соответствии с п. 12 ст.105.8 НК РФ.
В учёте налогового органа пени будут начисляться в разрезе каждого налога. При получении справки об отрицательном сальдо ЕНС налогоплательщику будет предоставляться также развёрнутая информация об неисполненных обязанностях (детализированная по каждому налогу), пенях, процентах и штрафах, расчёт пеней и процентов, основание уплаты штрафов.